Sorprendentemente, el País Vasco es la tercera comunidad del Estado donde los gobiernos de turno han concedido más indultos, una posición en el ranking solo explicable por el elevado número de insumisos. En la CAV se contabilizan desde 1996 un total de 1.307 indultados, tal y como da a conocer la web del Indultómetro, que permite por primera vez acceder a información individual y detallada de los 10.158 indultos publicados en el BOE. El País Vasco se sitúa solo por detrás de Madrid, la comunidad donde más penas han sido condonadas, dada la gran concentración existente de juzgados y tribunales, y Andalucía, con un volumen de población cuatro veces mayor.

En la CAV, la mayoría de las personas, en concreto 1.032, cuyas penas se conmutaron, se habían negado a prestar el servicio militar. No hay que olvidar que miles de jóvenes vascos decidieron oponerse al servicio militar obligatorio asumiendo las consecuencias legales que se concretaban en penas de cárcel e inhabilitación para ejercer la función pública. Según la organización antimilitarista Kakitzat, 1.670 insumisos terminaron en la cárcel a lo largo de los doce años que duró esta lucha que se convirtió en uno de los mayores movimientos de desobediencia civil de la historia de España. De hecho, en 1998, el número de objetores superaba por primera vez al de soldados de reemplazo.

Después del delito de rehúse a prestar el servicio militar, son los condenados por delitos por tráfico de estupefacientes los que, de largo, más se han beneficiado de esta amnistía. Pero también se han acogido condenados por quebrantar su pena o personas que habían causado lesiones con malformaciones y que fueron condenados a cuatro años de cárcel.